提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
美联储宣布加息25个基点 预计还将持续上调利率******
中新社纽约2月1日电 (记者 王帆)美国联邦储备委员会2月1日宣布,将联邦基金利率目标区间上调25个基点到4.5%至4.75%的水平,符合市场普遍预期。这是美联储自去年3月以来连续第八次加息。
美联储在为期两天的货币政策例会后发表声明。此次声明将“通胀仍然居高不下”的措辞改为“通胀有所缓和,但仍处于高位”,同时重申高度关注通胀风险,预计还将继续上调利率。
图为美联储主席鲍威尔当天出席记者会。 中新社记者 陈孟统 摄声明称,最近的指标表明美国的支出和生产温和增长,就业增长势头强劲,失业率保持在低位。通胀有所缓和,但仍处于高位。俄乌局势加剧了全球不确定性。美联储高度关注通胀风险。为支持实现充分就业和2%较长期通胀率的目标,美联储决定将联邦基金利率目标区间上调到4.5%至4.75%之间,并预期这种持续上调将是合适的,以形成足够限制性的货币政策立场。此外,美联储将继续缩减资产负债表规模。
美联储主席鲍威尔在货币政策例会后的记者会上表示,过去三个月的通胀数据显示价格增长速度有所放缓,不过,我们仍需要更多证据来确定通胀处于持续下降的轨道上。历史强烈警告不要过早放松政策。美联储关注的重点不是短期走势,而是更广泛金融状况的持续变化。目前的判断是,美联储还没有采取足够严格的政策立场,所以说预计持续加息将是合适的。在今年3月的货币政策例会上,美联储将更新对终端利率的评估。
图为美联储主席鲍威尔当天出席记者会。 中新社记者 陈孟统 摄美国股市三大指数在鲍威尔讲话后由跌转涨。截至当天收盘,道琼斯工业平均指数上涨6.92点,或0.02%,收于34092.96点;纳斯达克综合指数上涨231.77点,或2%,收于11816.32点;标准普尔500种股票指数上涨42.61点,或1.05%,收于4119.21点。
《华尔街日报》说,此次加息标志着美联储连续第二次放慢加息步伐。鲍威尔发表讲话后,投资者预计若通胀数据继续改善,美联储此前预测的5%至5.25%之间的终端利率有可能面临下调。彭博社援引分析人士观点称,美联储官员已经开始说“两边话”,他们在暗示进一步加息是合适的同时,也承认将在未来的政策决定中考虑收紧的累积量。市场对利率在将升至多高以及维持高位多久方面已偏向鸽派。(完)
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